El cuerpo del sacerdote fue hallado el 11 de noviembre en un río de aguas negras en el municipio de Nextlalpan. Según las investigaciones, el 29 de octubre Hernández Vilchis acudió a un inmueble en la Unidad Habitacional Morelos, Tercera Sección, de Tultitlán, acompañado de una mujer. Allí se reunió con Brandon Jonathan N., con quien pasó varias horas consumiendo alcohol y drogas, hasta que Brandon Jonathan lo atacó con un objeto punzocortante, provocando su muerte.

Posteriormente, Brandon Jonathan, su pareja María Fernanda N. y la otra mujer ocultaron el cuerpo en bolsas amarradas a un sillón, que trasladaron al río de Nextlalpan al día siguiente.

Durante la investigación, las autoridades rastrearon el vehículo del sacerdote hacia Hidalgo, lo que permitió identificar el domicilio de Brandon Jonathan y realizar un cateo, en el que se encontraron prendas del sacerdote, su estola, objetos punzocortantes y rastros de sangre.

Brandon Jonathan y María Fernanda fueron detenidos en la colonia Centro de Cuautitlán y están acusados de desaparición forzada, delito que puede alcanzar hasta 50 años de prisión. Brandon Jonathan, con antecedentes penales por robo con violencia, fue ingresado al reclusorio de Cuautitlán, mientras que María Fernanda fue llevada al reclusorio de Tlalnepantla.

La tercera mujer involucrada ya rindió declaración y se giró una orden de aprehensión en su contra. La FGJEM continúa con las investigaciones para esclarecer todos los detalles del crimen.